21. yüzyılda Dünya gezegeni yaşama elverişsiz hale geldi ve insanlar, Zoidler olarak bilinen metalik yaşam formlarının doğal evi olan Planet Zi'ye toplu olarak göç etti. Yıllar sonra Zi sonuyla karşı karşıya kalır. Sakinleri Dünya'ya geri göç yolculuğuna katılıyor. Dünyayı misafirperver hale getirmek için yeniden canlandırmaya çalışan göçmenler, bir "Zi-Formasyonu" planı ortaya çıkarır. Ancak plan başarısız olur ve Dünya kargaşa içinde kalır. Zoids'in istila ettiği ve istikrarsız hava koşullarının gölgelediği göçmenler, zor bir hayatla karşı karşıya. İmparatorluk ve Cumhuriyet yerleşimleri, kendi ordularını desteklemek için Dünya'da gömülü Zoidleri ortaya çıkarmaya çalışıyor. Hikaye, İmparatorluğun pençesinden kaçan Sally Land adında bir kızla tesadüfen karşılaşan ikinci nesil Dünya vatandaşları Leo Conrad ve Buzz Cunningham'ı konu alıyor.