2035 yılında Japonya'da, bir araştırma projesi sırasında "Patlama" olarak bilinen bir kaza meydana gelir ve Kurobe Geçidi'ne yayılan "Madde" adı verilen kontrolden çıkmış bir yapay yaşam formunun ortaya çıkmasına neden olur. Bir zamanlar insanlığın umudu olarak selamlanan araştırma şehri, hükümet tarafından kordon altına alındı. İki yıl sonra ailesini Burst'te kaybeden 15 yaşındaki Aiko Tachibana, okuluna yeni gelen Yuya Kanzaki'den inanılmaz bir şey öğrenir. Vücudunda bir sır saklıdır ve bulmacanın cevabı, Patlamanın merkezi olan "Birincil Nokta"da yatmaktadır. Aiko, bir dalgıç ekibi eşliğinde ve Yuya'nın rehberliğinde kısıtlı bölgeye sızmaya karar verir. İnsanlığın kaderi ellerinde olan bir oğlan kızla karşılaştığında hangi yeni gerçek gün yüzüne çıkacak?