New Century Zero, Zoids: Chaotic Century'deki olaylardan uzun bir süre sonra geçiyor. Zoidler artık savaş için kullanılmıyor; bunun yerine, hem Zoidlerin hem de insanların savaşçı doğaları, Zoid Savaş Komisyonu tarafından yürütülen bir dizi savaş yarışması ve turnuva tarafından odaklanıyor ve kontrol altına alınıyor. Dizi, Blitz Takımına, özellikle de Liger Zero ve Bit Cloud'un eylemlerine odaklanıyor. Dizi, Blitz Ekibi'nin Zoid Savaş Komisyonu'nun çeşitli yarışmaları aracılığıyla yükselişini ve ekibin Backdraft Grubu olarak bilinen suç örgütüyle çatışmayı önleme çabalarını anlatıyor.