R.D., efsanevi Alpha Zoid'i aramak için para kazanmak amacıyla Mach Storm adlı bir şirkette çalışan bir teslimatçıdır. Babasından tutkuyla inandığı söylentilerini duyduğu bir Zoid. Mach Storm aynı zamanda bir Zoid Savaş takımı olarak da görev yapıyor. R.D.'nin ilk Coliseum Zoid Savaşında, Zoidleri birleştirebilen bir ekiple karşılaşır. R.D. çok geçmeden Zoid'i Liger Zero ile hesaplanabilir şekilde kaynaşabilen bir Zoid'e sahip olduğunu keşfeder. Bu yaşananların ardından R.D.'nin Alpha Zoid hakkındaki gerçeği keşfetme macerası başlar.