Uzak gezegen Zi'de geçen hikaye, Helic Cumhuriyeti ile Guylos İmparatorluğu arasında uzun süredir devam eden çatışmada Zoidler adı verilen biyomekanik yaratıkların güçlü silahlar olarak hizmet ettiği bir dünyada ortaya çıkıyor. Kırılgan bir ateşkes devam ediyor, ancak artan gerilimler ve antik Zoidian teknolojisinin geri dönüşü, her iki ülkeyi de yeniden savaşa sürükleme tehlikesi yaratıyor. Hikaye, hafızası olmayan gizemli bir kız olan Fiona'yı ve Zoid'in savaş yeteneklerini geliştirebilen bir Organoid olan Zeke'yi keşfeden genç bir çocuk olan Van Flyheight'ı konu alıyor. Becerikli Moonbay ve çekingen paralı asker Irvine ile seyahat eden grup, Fiona'nın geçmişine dair ipuçları arar. Yolculukları onları Cumhuriyet'e ve sonunda Zi'nin geleceğini şekillendirecek yenilenmiş bir çatışmanın kalbine götürür.