Otuz üç yıl önce, "JAM" olarak bilinen bir uzaylı gücü, Antarktika üzerindeki boyutsal bir portal aracılığıyla Dünya'yı işgal etti. Dünya güçleri JAM'i "Peri" olarak adlandırılan uzak bir gezegene götürmeyi başardı. Dünya nüfusunun çoğunluğu JAM'in varlığından habersiz olsa da, Rei Fukai'nin SAF (Özel Hava Kuvvetleri) pilotu olduğu ve neredeyse duyarlı bir yapay zeka ile donatılmış gelişmiş bir keşif savaş uçağı olan "Yukikaze"yi pilot olarak görevlendirdiği Fairy'de savaş devam ediyor. Bu, yolundaki JAM'in varlığını algılar.