Tören Savaşından on yıl sonra, Judai Yuuki (Jaden Yuki) adında genç bir çocuk, Japonya kıyılarındaki uzak bir adada bulunan Duel Academia'ya (Düello Akademisi) katılmak için yola çıkar. Orada öğrenci arkadaşlarıyla tanışır ve birkaç düşmanın yanı sıra birkaç arkadaş edinir. Judai, Osiris Red'in (Slifer Red) en alt sırasına yerleştirilir, ancak bir Düellocu olarak değerini kanıtlamak ve etrafındaki herkesin saygısını kazanmak için becerilerini öğrencilere ve öğretim üyelerine karşı test etmeye devam eder.