Micro-Grand Academy'de sihir okuyan bir öğrenci olan Cacao'yu konu alıyor. Bir gün, sihir sınıfı öğretmeni Gana, bir ağaç ruhunu çağırmak için büyü yaparken, Cacao biraz çikolata bulur ve yer, bunun 200 yıllık sihirli çikolata olduğu ortaya çıkar. Çikolatayı yedikten sonra sarhoş olur ve ortalığı karıştırır. Bu sırada Gana'nın büyüsüne müdahale ederek ruh Hinano'nun kaçmasına izin verir. Daha sonra Kakao'nun yanına taşınan bir kuklanın vücudunda yaşıyor. Trouble Chocolate'ın sonraki bölümlerinin birbiriyle çok az bağlantılı hikayesi var. Aksine, gösteri diğer animelerin bir parodisidir. Trouble Chocolate'taki dublajlı diyalog, sözcüklerin dudak senkronizasyonundaki değişimin izin vereceği kadar doğrudan çevrilmesine ilişkin normal geleneğin aksine, orijinal senaryoya çok az benzerlik gösterir veya hiç benzerlik göstermez.