Lise öğrencisi Hitomi, Dünya'dan Gaea'nın büyülü dünyasına nakledilir ve burada çocuk prens Van Fanel ile tanışır ve kendini Gaea ülkelerini uğursuz Zaibach imparatorluğuna karşı birleştirme arayışına kaptırır. Yolda gizli bir yeteneği keşfeder ve Van'ı, onun geçmişini ve Escaflowne olarak bilinen dev makineyi çevreleyen gizem katmanlarını çözmeye çalışır.