Yeni bir denizaltı türü tasarlayan dahi bilim adamı Dr. Oki kayıptır. Oğlu Susumu, bilinmeyen bir grubun kötü planının kokusunu alır. Babasının "Süper 99" adlı denizaltısının teçhizatı, silahları, işlevleri ve kapasitesi hakkında her şeyi biliyor. Susumu, babasını bulmanın gizli örgüt Miğfer Partisi'ni ortaya çıkarmak ve komplolarını durdurmak olduğunu düşünür. Arkadaşları ve Deniz Piyadeleri'nin yardımıyla, yaptığı işin ne kadar tehlikeli olduğunu bilmeden bir su altı arayışına çıkar...