"USR" olarak bilinen terör örgütüyle mücadele etmek için 11 ülke deniz kuvvetlerini birleştirerek Barışı Koruma Donanması'nı oluşturuyor. Ancak Amiral Red ve USR denizaltısı UX, PKN'nin açılış törenini çökertip filonun çoğunu yok ettiğinde ortalık karışır. Son dakikada, UX uçak gemisi Apollo-Norm'a son darbeyi indirdiğinde, eski Japon denizaltısı 707 birdenbire ortaya çıkıyor ve PKN amiral gemisini kurtarmak için kendini feda ediyor. Altı ay sonra Yüzbaşı Youhei Hayami, yeni bir grup acemiye liderlik etmek ve su altında terörizme karşı savaşta yepyeni bir 707'nin kaptanlığını yapmak üzere göreve geri çağrılır.