2207'de, Gamilas ve Iscandar'ın ortadan kaybolmasından iki yıl sonra, devasa bir nesne olan "Büyük Ters" ortaya çıkıyor ve Dünya'nın savunmasını zahmetsizce aşıyor. Birlik sürüleri ve çok bacaklı tanklar hızla Dünya'nın başkentini fethediyor. Kaosun ortasında, eski Yamato mürettebatı gizli bir emir alır ve insanlığın kaderi tehlikedeyken şimdi görünmeyen boyutlara doğru bir yolculuğa başlar.