Beyaz Kuyruklu Yıldız İmparatorluğu ile yapılan savaşın üzerinden üç yıl geçti. Ölmek üzere olan Gamilas halkını kurtarmak için yeni bir ana yıldız arayışına giren Başkan Dessler, Samanyolu galaksisinin bir bölümünde şartları karşılayan bir yıldız bulur. Ama güçlü bir yıldızlararası ulusun toprakları içindeydi. Galakside çıkan toprak anlaşmazlığı kaçınılmaz olarak Gamilas ile güvenlik anlaşması olan Dünya'yı da ilgilendiriyor. Dünyaya askeri ve ekonomik avantajlar getiren zaman hatasının büyüsü, kendi hayatları karşılığında ortadan kaybolmuştur. Susumu Kodai, yaklaşan acil duruma hazırlık amacıyla yeni mürettebatla birlikte bir eğitim yolculuğuna çıkar. Kendini hedef alan birinin ortada olduğunu bilmeden. Yamato, benzeri görülmemiş bir kaygı çağında yeni bir yolculuğa çıkmak üzeredir. Yolda, hayal edilemeyecek yeni bir düşman sizi bekliyor...