Yıl 2199. İnsan ırkı, Gamilo'larla yaptığı savaşta ezilip, işgalcilerin saldırısıyla yer altı şehirlerine sürülmüştür. Bilim insanları yalnızca bir yıllarının kaldığını tahmin ediyor. Genç subaylar Susumu Kodai ve Daisuke Shima, Mars'a acil iniş yapan ve onunla birlikte Dünya'ya dönen bir gemiden gizemli bir kapsül alırlar. İnsanlığın son umudunu içeriyor: Macellan Galaksisinin diğer tarafındaki Iscandar gezegeni, Gamiloları yenecek ve gezegeni yeniden canlandıracak teknolojiye sahip. Bu görev uzay savaş gemisi Yamato'ya emanet edilmiştir, ancak insanlığın sona ermesine yalnızca bir yıl kalmıştır.