Bilinen evrenin sonuna doğru arkeolojik bir görevde olan Profesör Daiba, farkında olmadan eski bir dehşeti sınırlarından serbest bırakır. Beş yıl sonra, kötü niyetli uzaylı gücü, Arcadia'nın çeşitli mürettebatını yıldızlara bir kez daha yelken açmak ve Tadashi Daiba'yı Harlock'la ilk kez (tekrar) buluşturmak için yeniden bir araya getiren bir planı harekete geçirir.