Hikaye, Edo döneminin başlarında tüm Japonya'ya şok dalgaları gönderen Shimabara İsyanı'nın efsanevi kökeni olan Minami Shimabara şehrinin Nagazaki vilayetinde geçiyor. Aynı zamanda Shirou adındaki bir ortaokul üçüncü sınıf öğrencisinin günlerini okul arkadaşlarıyla geçirdiği yerdir. Bir yaz günü Shirou'nun eski çocukluk arkadaşı Akane, Tokyo'dan Minami Shimabara'ya döner. Shirou ve Akane, uzun süredir arkadaşları olan Tokiya ile Minami Shimabara'da gezintiye çıkar. Bu arkadaşlar nostalji ve daha karmaşık duygularla uğraşırken bir anda karşılarına Goron adında gizemli bir yaratık çıkar. Küçük bir yaratıkla olan bu karşılaşma, bu şehirde bir kez daha büyük olayların yaşanmasına neden olur...