Bir zamanlar kimliği belirsiz bir düşman, Bilinmeyen aniden ortaya çıktı. "Süper Evrimsel Demiryolu Kalkınma Ajansı", bu tehdide karşı önlem olarak hızlı trene dönüşen robot "Shinkalion"u geliştirmişti. "Bir şeyi koruyabilen havalı bir insan olmak istiyorum..." Ortaokul ikinci sınıf öğrencisi Taisei Oonari, iki yıl önce ortadan kaybolan ablası hakkında ipuçları bulmak amacıyla Shinkai Gakuen Ortaokuluna transfer olur. Tam o sırada Bilinmeyen, 10 yıl sonra ilk kez ortaya çıkıyor. Taisei'nin bir Shinkalion pilotu olarak yüksek bir yetenek değeri vardır ve onunla savaşma kararı vermek zorunda kalır. Bilinmeyen'in gerçek doğası nedir ve amacı nedir? Mücadelenin sonunda ortaya çıkan gerçek nedir? Oğlanların kararlılığının ve gelişiminin hikayesi şimdi başlıyor.