Neotopia, insanların ve robotların barış ve uyum içinde yaşadığı bir dünyadır. Ancak aniden Karanlık Eksen'in kötü güçleri tarafından işgal edilir. Karanlık Eksen, tüm organik yaşam formlarını taşa dönüştürmeye ve tüm robotların ve mobil vatandaşların yapay zekalarının kontrolünü ele geçirmeye çalışıyor. Bu istilaya karşı savaşmak için Süper Boyutlu Muhafız (S.D.G.) gizlice oluşturulur. S.D.G.'nin kahramanı Yüzbaşı Gundam'a, cesaretlendirmesi ve desteğiyle görevlerini tamamlamasına yardımcı olan cesur genç çocuk Shute eşlik ediyor.