Ren Amamiya, Tokyo'daki Shujin Akademisi'ne transfer olduktan sonra ikinci yılına girmek üzere. Belirli bir olayın ardından Persona'sı uyanır ve arkadaşlarıyla birlikte, yozlaşmış yetişkinlerin çarpık arzularının kaynağını çalarak kalplerini yeniden düzenlemek için "Hayalet Kalp Hırsızları"nı oluştururlar. Bu arada tuhaf ve açıklanamayan suçlar da peş peşe ortaya çıkıyor... Gündüzleri Tokyo'da sıradan bir lise hayatı yaşayan grup, saatler sonra büyük şehirde Hayalet Hırsızlar olarak manevra yapıyor. Bu büyük, pikaresk hikayenin perdeleri kalksın!