Uzak gelecek, 5012. ＜Uzaylılar＞ ve onların yarattıkları ＜Makine Yaşam Formları＞ tarafından Dünya'nın ani hava istilası, insanlığı yok olmanın eşiğine getirdi. Dünya'yı yeniden ele geçirmek için ＜android＞ askerlerini kullanarak bir karşı saldırı düzenlemek üzere aya sığınan hayatta kalan insan sayısı. Ancak 'Makine Yaşam Formları' sonsuza kadar çoğalmaya devam ettikçe savaş çıkmaza girer. Buna karşılık, insanlık nihai bir silah olarak yeni bir android asker birimini konuşlandırıyor: ＜YoRHa＞ Dünya'ya yeni gönderilen ＜2B＞, şu anda orada görev yapan analist ＜9S＞'ye katılıyor ve burada görevleri sırasında sayısız gizemli olayla karşılaşıyorlar... Bu, bu cansız ＜androidlerin＞ ve onların insanlık uğruna bitmek bilmeyen mücadelelerinin hikayesidir.