My-Otome Zwei, My-Otome olaylarından bir yıl sonrasını konu alıyor. Arika artık tam teşekküllü bir Otome'dir (yine de Bayan Maria'nın vesayeti altında olmasına rağmen) ve Nagi, Koç'ta bir yerde bir hapishanede hapsedilmektedir. Çeşitli uluslar birbirleriyle barış içinde ve S.O.L.T.'yi düzenlemeyi planlıyorlar. (Stratejik Otome Sınırlama Konuşmaları) Otome sayılarının sınırlandırılmasını tartışmak için. Earl'le çarpışma tehlikesi taşıyan bir meteoru yok etme görevi, gizemli, gölgeli bir figürün Garderobe'ye ve birkaç Otome'ye saldırmasıyla ve ayrıca Slave'in yeni, daha güçlü bir versiyonunun tüm gezegende ortaya çıkmasıyla sonuçlanan bir olaylar zincirini harekete geçirir. Daha da kötüsü Kraliçe Mashiro, Arika ile yaşadığı tartışmanın ardından ortadan kaybolur. Dizi, Arika'nın Mashiro'yu aramasının yanı sıra Garderobe'nin karanlık figürün ardındaki gerçeği ortaya çıkarma girişimlerini konu alıyor.