Hem insanların hem de canavarların var olduğu bir dünyada. Canavarları avlayanlara Avcı denir. Ancak Hunter'ın dünyasının küçük bir köşesinde, canavarlarla bağ kuran ve onlarla bir arada yaşayan, Biniciler adı verilen kişiler var. Canavarların içindeki gizli gücü uyandırmalarını sağlayan Kizuna Ishi (Bağlama Taşları) ile Biniciler, bağlantı kurdukları canavarlar Otomon'ları ile birlikte gizlilik içinde yaşarlar. Hakum'un Rider köyünde yaşayan genç bir çocuk olan Ryuto, dünyanın en iyi Rider'ı olmayı hayal ediyor. Henüz 12 yaşına girmiş olduğundan, kendisine ait Kizuna Ishi'nin verildiği tören öncesinde kendi Otomon'unu bulmaya koyulur. İyi kalpli çocukluk arkadaşı Cheval, meraklı çocukluk arkadaşı Lilia ve ortağı Naville ile birlikte ormanın derinliklerine doğru yola çıkarlar ve bir Rathalos ile mucizevi bir karşılaşma yaşarlar.