Kurokami Medaka, Hanokiwa Akademisi'nde oyların %98'ini ezici bir oranla alarak öğrenci konseyinin başkanı seçilen olağanüstü bir birinci sınıf öğrencisidir. Son derece zeki, güçlü ve zengin; ihtiyacı olan herkese yardım etmek istiyor. Bunu yapmak için herhangi bir öğrencinin kendisiyle iletişime geçmesine olanak tanıyan bir öneri kutusu sunar. Daha sonra Medaka Kutusu olarak anılacak olan bu kutu, Kurokami ve öğrenci konseyindeki arkadaşlarına inanılmaz zorluklar yaşatacaktır.