Gazth-Sonika ülkesinde iç savaş sürüyor. Orada, Madlax adında bir paralı asker neredeyse doğaüstü bir beceriyle ticaretini yapıyor. Görünüşte huzurlu olan Nafrece ülkesinde Margaret Burton sakin bir hayat yaşıyor. Hayatları ne kadar ayrı görünse de ikili, gizemli bağlarla ve aynı zamanda karanlık örgüt Enfant'ın da aradığı kutsal bir kitapla birbirine bağlı. Margaret ve Madlax kaderlerinin yolunu takip ederken, gerçeği ortaya çıkarmaya daha da yaklaşırlar - bunun öğrenmeye dayanabilecekleri bir gerçek olduğuna dair hiçbir garanti yoktur.