Gauna adlı bir uzaylı ırkı Dünya'yı yok etti. İnsanlığın Sidonia uzay gemisinde hayatta kalma mücadelesi vermesi. Gauna'yla son karşılaşmamızın üzerinden bir asır geçmesine rağmen askerlik hizmeti zorunludur. Büyükbabası onu gizlice Sidonia'nın unutulmuş bağırsaklarında saklayan Nagate Tanikaze için yüzeye çıkmak zorunda kaldığında bu, tuhaf ve yeni bir dünyadır. Ancak Gauna'lar birdenbire yeniden ortaya çıktığı için işe alımı tam zamanında gerçekleşir.