Animenin geçtiği yer Sugomori Şehri adlı kurgusal bir Japon şehridir. Bir gün Noriko Sonosaki sınıf arkadaşı Katsuhira Agata'ya "Kiznaiver olarak seçildin" diyor. Katsuhira'nın yaralarını paylaşmasına olanak tanıyan Kizuna Sistemi, onu, hayatları ve kişilikleri kendisinden tamamen farklı olan sınıf arkadaşlarıyla buluşturur. Kizuna Sistemi, insanları yaralarla birbirine bağlayan, dünya barışının hayata geçirilmesi için tamamlanmamış bir sistemdir. Bu sisteme bağlı olanların hepsine Kiznaiver denir. Bir Kiznaiver yaralandığında sistem yarayı diğer Kiznaiver'lara böler ve iletir. Sugomori Şehri ıslah edilmiş arazi üzerine kuruludur ancak yıllar geçtikçe şehrin nüfusu azalmaktadır. Hikaye Katsuhira ve diğerlerinin yaşadığı bu kasabada geçiyor.