1937 yılında, 2. Dünya Savaşı'nın arifesinde geçen hikaye, "D Ajansı" olarak bilinen gizemli bir casus eğitim örgütünü konu alıyor. Organizasyon, Japon İmparatorluk Ordusu'ndan Yarbay Yuuki tarafından kurulmuştur. İdealleri onu, askeri akademi mezunları ve personelinin ötesinde insanları işe almaya ve onları manipülasyon sanatlarında yetenekli ajanlar olacak şekilde eğitmeye yönlendiriyor. Bu ajanlar operasyonları yürütmek için uzmanlaşmış bir ekip haline gelecekti. Jirou Gamou adındaki böyle bir anti-kahraman ajan, kendi saflarının içindeki ve dışındaki güçlerle savaşırken "Kara Notlar" başlıklı gizli belgeleri ortaya çıkarmak için yürek parçalayıcı bir göreve çıkar.