2010 yılında dünya çapındaki Hiper Kasırgalar beş milyar insanı yok etti. Yıkımın ardından Logos olarak bilinen bir grup iktidara gelir ve dünyanın artık değerli olan kaynaklarının çoğunun kontrolünü ele geçirir. Logos, hakim konumlarını güvence altına almak için hainleri ve isyanları bastırmak üzere görevlendirilen elit bir güç olan Phantom'u yaratır. Artık Phantom'un en iyi ajanlarından ikisi olan Joe ve Jin, gezegenin geleceğinin anahtarını elinde tutabilecek gizemli bir kızla birlikte kaçtılar.