Ares, orijinal Inazuma Eleven animesinin ilk sezonunda Football Frontier'daki zaferden sonra yaşananları takip eden, ikinci sezondaki uzaylı saldırısının asla gerçekleşmediği alternatif bir kanon tasvir ediyor. Japon futbolu uluslararası rekabete kıyasla zayıf görüldüğünde Raimon Eleven dağıldı ve üyeleri, Japonya futbolunu ulusal düzeyde güçlendirmek için ülke çapında farklı futbol takımlarına transfer oldu. Dahası sponsorluk, bir Japon genç futbol takımının hayatta kalması için hayati bir unsur haline geldi; çünkü maçlara katılmak için gerekli olmakla birlikte takımın dağılmasını da önlüyor. Dizi, forvet Asuto Inamori ve uzak Inakunijima Adası oyuncularından oluşan takımı Inakuni Raimon'a odaklanıyor. Kulüplerini korumaları gerektiğinden, Raimon Ortaokul futbol takımı olarak orijinal Raimon Eleven'ın yerini aldılar ve her yıl düzenlenen Football Frontier gençlik turnuvasında zayıf takım olarak yarışıyorlar.