Bu hikaye 3199 yılında güçlü bir düşmanın komşu galaksiden Samanyolu'na saldırmasıyla başlıyor. Düşman, birçok yıldız ulusun ittifakı olan Samanyolu'nun birleşik güçleriyle çatışır ve onları birbiri ardına yener. Geriye kalan Samanyolu İttifakı kuvvetleri yalnızca altı filoya indirildi. İttifak karargahı yok edildikten sonra ve merkezi Samanyolu İttifakı'nın çöküşü yaklaştığında, Büyük Yamato Zero herkesi şaşırtır ve Samanyolu İttifakına son bir büyük savaşta yardım etme görevine başlar.