Zai olarak bilinen gizemli uçan yaratıklar bir anda ortaya çıkar ve yaratıklarla savaşmak için insanoğlu, "Kızlar" adı verilen savaş uçaklarının yanı sıra insan kızlara benzeyen otomatik dövüş mekanizması "Anima"yı yaratır. Hikaye, gökyüzünde uçmayı özleyen Narutani Kei adında genç bir adam ve Guripen adında bir kız olan insanlığın kozu olarak kabul edilen bir Anima'ya odaklanıyor.