Fortune Arterial'ın hikayesi, ortaokul ve lise öğrencilerini kapsayan altı yıllık İngiliz okulu tarzında prestijli bir devlet okuluna transfer olan erkek kahraman Kohei Hasekura'nın etrafında dönüyor. Okul, Japonya ana karasının açıklarında, Tamatsu Adası adlı bir adadadır ve oraya ulaşmanın tek yolu tekneyledir. Transfer olduktan kısa bir süre sonra, yan sınıftaki öğrencilerden biri olan Sendo Erika'nın aslında bir tür vampir olduğunu keşfeder.