Camelot Singularity'deki başarının ardından Ritsuka Fujimaru ve Mash Kyrielight, Büyük Düzen girişimindeki son Singularity'ye atanır. MÖ 2500'deki Antik Babil'de, insanlığın hayatta kalmasını güvence altına almak için bir göreve çıkarlar. Vardıklarında, Kral Gılgamış tarafından yönetilen Babil şehri Uruk'u üç tanrının tehdit ettiğini öğrenirler. Ritsuka ve Mash, üç tanrının insanlığa karşı eylemlerinin gerçek doğasını araştırırken, Gılgamış'ın emri altındaki Uruk'taki gizemli canavarların istilasını savuşturmak için birlikte çalışmalıdır; ancak Ritsuka'nın bilmediği kadim bir varlık yavaş yavaş uykusundan uyanıyor.