Tatsumiyajima, Japon adalarının durgun durgun sularında, küçük bir ada kümesinin ortasındaki merkezi adadır. Orada pek bir şey olmuyor ve adanın gençleri, hayatlarının huzurlu ve rahatsız edilmeyeceğini bilerek okula gidiyor. Ya da onlara öyle öğretildi ama gerçek farklı. İnsanlığın kaderi tehlikede ve Tatsumiyajima, düşmanca ve anlaşılmaz bir düşmana karşı son savunma hattıdır. Her şeyin merkezinde, İnsanlığın varlığının devamı için savaşan, insanlığın bu son hazinesini koruyan dev robot Fafner, ejderha yer alıyor.