Savaşan Devletler döneminde genç hırsız Dororo, eksik uzuvlarının yerine korkunç protezler kullanan garip, gözleri görmeyen bir çocuk olan Hyakkimaru ile karşılaşır. Hyakkimaru'nun vücudunun bazı kısımları, babası tarafından güç karşılığında 12 iblise takas edildi, ancak nazik bir büyücü sayesinde Hyakkimaru bu korkunç sınavdan sağ kurtuldu. Artık kayıp bedenini bulmak için diyarlarda dolaşıyor ve o ve Dororo birlikte, iblislerin kol gezdiği acımasız bir dünyada hayatta kalmak için savaşacaklar.