Yui, tüm bilgisayarların COMNET olarak bilinen tek bir küresel ağ tarafından desteklendiği bir gelecekte yaşayan ortalama bir kız öğrencidir. Yui, bilgisayar laboratuvarı kazasından sonra rakun görünümlü bir düzeltici bilgisayar programı olan IR tarafından kendisine COMNET'i kurtarması gerektiğini söyleyen, bilgisayar okuma yazma bilmeyen bir kızdır. Sahtekar yapay zekayı durdurması gerekiyor. Grosser olarak bilinen (Yapay Zeka) bilgisayar programının ve onun yandaş programlarının dünyayı ele geçirmesini engelliyor. Grosser başlangıçta tüm COMNET'in yöneticisi olacak şekilde tasarlandı. İlk başta, bilgisayarlarla ilgili bilgi ve yeteneğinin tamamen eksikliği nedeniyle kadın kahramanı oynamak konusunda çok isteksiz. COMNET'i kurtarmak için diğer yedi inatçı düzeltici programı bulup güvenini kazanması gerekiyor. Ayrıca Grosser'ı tamamen durdurmaya yardım etmek için yaratıcıyı veya COMNET Profesörü Inukai'yi bulmaları gerekiyor.