Hikaye, lise öğrencisi Kazuki Muto'nun bir gece gizemli bir kızı bir canavardan kurtarırken öldürülmesi, ancak okul yurdunda uyanıp bunun bir rüya olduğuna inanmasıyla başlıyor; ancak çok geçmeden dev bir yılan gibi canavar kendisine ve kız kardeşine saldırdığında rüyanın hiç de rüya olmadığını anlar. Kurtardığı kız Tokiko Tsumura, canavarın bir homunculus olduğunu açıklıyor. Kazuki onu kurtarırken saldırıya uğramış ve öldürülmüştü; ancak ondan sorumlu olduğunu hissederek göğsüne yedek kalp görevi gören bir Kakugane madalyonu yerleştirerek onu canlandırdı.