Black Jack, bulanık ve gizemli bir geçmişe sahip "kayıtsız" bir doktordur. Küçük asistanı Pinoko (doktora büyük bir aşık olan) ile birlikte çalışıyor ve çok iyi bilinmeyen, garip, tehlikeli veya hiç bilinmeyen tıbbi vakalarla ilgileniyor. Ancak o bir dahidir ve neredeyse tüm hastalarının hayatını kurtarabilir (tabii ki bunun için paraları olduğu sürece) ve dünya çapında pek çok kişi tarafından, özellikle de tıp ve bilim insanları tarafından tanınmaktadır. Kendisi de bir bilim adamıdır ve görene kadar pek inanmaz, ancak çoğu zaman sevginin ve doğanın, yaşamını dayandırdığı bilime üstün gelmesine şaşırır.