İnsanların Gastrea adlı viral parazitler tarafından mağlup edildiği yakın bir gelecek. Küçük bir bölgeye sürgün edilmişler, umutsuzluk içinde, terörle yan yana yaşıyorlar. Karanlığa hapsolmuş bu dünyada, Tokyo yakınlarında yaşayan ve Gastrea'ya karşı mücadelede uzmanlaşmış bir örgüt olan "Sivil Güvenlik"in üyesi olan Rentaro, tehlikeli görevleri yerine getirmeye alışkındır. Ortağı, erken gelişmiş bir genç kız olan Enju'dur. Kendine has güçleri sayesinde savaşırlar, ta ki bir gün hükümetten özel bir görev alana kadar. Bu çok gizli görev Tokyo'nun yok edilmesini önlemektir... Yakın bir gelecekte geçen bu heyecan verici kahramanca aksiyon hikayesi... şimdi başlıyor!