İyiyle kötü arasında süregelen mücadeleyi yeni bir karakter kadrosu üstleniyor. Kahramanımız Gingka ve sadık arkadaşlarından oluşan grubu, Karanlık Nebula adı verilen tehlikeli bir grupla karşı karşıya gelir. Dark Nebula'nın görevi dünyayı ele geçirmek ve kötülüklerini onun üzerine salmaktır; ancak bunu yapmadan önce, yollarına çıkabilecek kadar güçlü olan tek kişi olan Gingka'yı yok etmeleri gerekir. Arkadaşlar düşman, düşmanlar müttefik haline geldikçe olay örgüsü kalınlaşır. Her şey Gingka'nın kendi dünyasını ve Beyblade'in onurunu savunacak gücü bulma çabasıyla başlar ve biter.