Abel Gezegeninde insanlar ve robotlar bir arada yaşıyor. Bir gün, bir nakliye gemisindeki gizemli bir kaçak yolcu gezegeni istila etmeye çalışır, ancak insana benzeyen bir robot olan Apollo tarafından keşfedilir; ve robota benzeyen bir insan olan Mikaru. Kaçak yolcunun elinde en son kamuflaj yazılımı olan gizemli "Cipher" işletim sistemini içeren bir hafıza çipi vardı. Apollo, Şifre çipini sırf eğlence olsun diye alır ama kendisini neyin içine soktuğu hakkında hiçbir fikri yoktur. Aniden tuhaf davranmaya başlar, ancak Mikaru'nun sorunun ne olduğu veya bunun arkasında Cipher'ın olduğu hakkında hiçbir fikri yoktur. Şifre tam olarak nedir? Ne tür sırlar barındırıyor? Apollo ve Mikaru geçmişi, bugünü ve geleceği kapsayan bir gizemi çözecek.