Yakın gelecekte, ani ve açıklanamayan bir deniz yükselmesi, insan uygarlığının çoğunu sular altında bıraktı. Birkaç yıl önce annesini ve bacaklarından birini bir kazada kaybeden Ikaruga Natsuki, büyük şehirdeki zorlu hayatından hayal kırıklığına uğramış bir şekilde geri döner ve eski kırsal evinin deniz tarafından yarı yutulmuş olduğunu görür. Ailesiz kalan adamın elindeki tek şey, okyanus bilimci büyükannesinden kalan gemi, denizaltı ve onun borçlarıdır. Kaybettiği geleceğe dair hayallerini geri kazanmak için tek umudu, şüpheli borç tahsildarı Catherine'in kendisine sunduğu fırsatı değerlendirmektir. Büyükannesinin laboratuvarının batık kalıntılarını, oradan ayrıldığını söyleyen bir hazine bulmak için yola çıktılar. Ancak buldukları şey zenginlik ya da mücevher değildir; Atri, denizin dibinde bir tabutun içinde uyuyan tuhaf bir kızdır. Atri bir robot ama görünüşü ve duygu zenginliği herkesi onun yaşayan, nefes alan bir insan olduğuna inandırmaya yetiyor.