2039 yılına gelindiğinde küresel ısınma deniz seviyelerinin yükselmesine ve büyük miktarda toprak kaybına neden olmuştu. Sanki yanıt olarak, sisle kaplı gizemli bir savaş gemisi grubu olan "Sis Filosu" okyanusun her köşesinde belirdi ve insan gemilerine saldırmaya başladı. İnsanlığın tüm güçlerini toplamasına rağmen Sis'in ezici gücü karşısında tamamen mağlup oldular. İnsanlığın tüm ticaret yolları Sis Filosu tarafından bloke edildi, politik ekonomileri yok edildi ve insan ırkı sürekli olarak yenilgiye uğratıldı. Yedi yıl sonra, Sis Filosu'nun denizaltısı I-401, öğrenci Gunzo Chihaya'nın huzuruna çıkar. Denizaltıya pilotluk yapan ve onların düşmanı olması gereken insansı yaşam formu, bunun yerine insanlığa hizmet sunuyor.