Bir gün bir şehir aniden ortadan kaybolur. Profesyonel bir sözleşmeli kurye ve yalnız kurt olan Takuya, şehrin yok oluşundan kurtulan tek kişi olan Yuki ile tanışır. İkili, Yuki'nin kayıp olduğu duyulan babasından gelen bir mesaja güvenir ve kaybolan şehir Lost'a doğru yola çıkar. Ancak ikilinin önüne beklenmedik engeller çıkar ve gerçek özellikle Yuki için şok edicidir. Arkalarında kalanların duyguları önlerinde, gölgeleri yönlendiren ve gizli komployu açığa çıkaran gizemli bir grup var. Başlangıçta birbirine yabancı olan Takuya ve Yuki, yolculuk sırasında aralarındaki bağı derinleştirecek ve Kayıp Şehrin gizemini çözeceklerdi.