Last Order'ı kurtardıktan ve ardından kafasına bir kurşun sıktıktan sonra Academy City'nin en üst düzey esper'i hastanede dinleniyor. Ancak Accelerator'ın iyileşmesi, küçük klon arkadaşının fotoğrafını taşıyan gizemli bir kızın yardım istemesiyle yarıda kalır. Şimdi, kötü niyetli planları Last Order'ı, Academy City'yi ve hatta tüm dünyayı tehdit eden kötülüğe karşı bir koalisyon olan Disiplin Cezası'nı üstleniyorlar!