Touma Kamijou, teknoloji açısından oldukça gelişmiş bir yer olan Akademi Şehri'nde yaşayan bir öğrencidir. Sıfır seviye esper (güç yok) olarak ölçülmesine rağmen, sağ elinde her türlü gücü geçersiz kılan bir yetenek olan Imagine Breaker'a sahiptir. Touma, üyesi olduğu güçlü bir büyü örgütü olan Necessarius'tan kaçmaya çalışan Index adında genç bir kız bulur. Her türlü bilgiyi ezberleme becerisiyle kutsanmış olan bu kadının kafasının içinde 103.000 yasak büyü kitabı bulunmaktadır. Bilim ve büyünün yolları kesişirken Touma, heyecan verici bilim kasabasında ortaya çıkan esperler ve sihirbazlar arasında çeşitli tehlikelerle yüzleşmek zorundadır.